Attila re degli Unni, scese in Italia nel 452 e dopo aver distrutte Aquileja, Concordia, Oderzo e Altino, fiorenti città e colonie romane, si diresse su Padova che era allora fra le più importanti città d'Italia dopo Roma, ma non .la distrusse che in parte, e può dirsi che in confronto delle altre rimase quasi salva. Gli abitanti di Padova che poterono fuggire si rifugiarono sulle isolette della laguna ed insieme a quelli delle altre città distrutte concorsero a fondare Venezia.

La vera prima distruzione di Padova avvenne nel 600 per opera di Agilulfo re dei Longobardi. Già Autari suo predecessore aveva cominciato nel 589 la distruzione del territorio padovano facendo straripare l'Adige senza freno e già gonfio per le piogge torrenziali, ma Autari morì l'anno seguente e così Padova anche quella volta fu salva. Nel 600 Agilulfo suo successore, per vendicare la morte di suo cognato Godescalco, ucciso a tradimento a Ravenna. venne a Padova che allora dipendeva da Ravenna ne cacciò i soldati che la difendevano e la distrusse sino alle fondamenta.

Lo storico Paolo Varnefrido conosciuto sotto il nome di Paolo Diacono nativo di Cividale, nel Friuli e che fu segretario di Desiderio, ultimo re dei Longobardi dal 756 al 774 scrisse la storia della distruzione di Padova. In essa dice che della città non rimase in piedi una pietra. e nemmeno un abitante perché tutti rimasero uccisi o fuggirono.

Agiilulfo fece distruggere una o più arcate dei ponti perché i padovani profughi non potessero più ritornare nella loro patria. Su Padova abbandonata crebbero libere le erbe selvatiche fra le pietre dei distrutti edifici. Questo abbandono durò più di settant'anni finché nel 774 Carlomagno re dei Franchi scese in Italia chiamato dal papa Adriano I (della famiglia Colonna) per liberarla dai Longobardi, e Carlomagno, vinto Desiderio conquistò anche il Veneto. esclusa Venezia. e ordinò la ricostruzione di Padova affidandone il governo ad un suo luogotenente.